С захватом власти в Северной Индии Бабуром и его преемником Хумаюном не могли примириться афганские эмиры. В восточных областях Северной Индии сложился их союз, в который входили ханы нескольких афганских племен. На первых порах Хумаюну удалось нанести им поражение в битве при Даухруа. Судьбу сражения во многом решили распри между возглавлявшими союз ханами лоди и фармули и другими эмирами из племен сур и лохани. Разбив Махмуда Лоди, Хумаюн-шах осадил находившуюся в руках Шер-хана Сура крепость Чунар.

Осада продолжалась несколько месяцев. В конце концов Шер-хан выразил покорность Хумаюну и выставил афганский отряд под командованием своего сына Кутб-хана для участия в подготавливавшемся походе падишаха Дели против правителя Гуджарата Бахадур-шаха (1534). Война с Бахадур-шахом, которого поддерживали некоторые афганские эмиры, была поначалу удачной для Хумаюна, который овладел Малвой, вытеснив оттуда войска Бахадур-шаха, двинулся к Гуджарату, занял Чампанир и Ахмадабад, столицу Гуджаратского султаната. Однако едва он вернулся в Агру, как Бахадур-шах с помощью португальцев вернул себе все земли, в том числе Малву.

Эта авантюра обернулась серьезным военным поражением для падишаха Дели, которое во многом предопределило исход борьбы между афганскими эмирами и Хумаюном. Воспользовавшись борьбой Хумаюна с Бахадур-шахом, Шер-хан Сур, укрепив в 1534 г. свое положение в Бихаре, вторгся в Бенгалию. Правитель последней уступил ему несколько округов и уплатил крупную сумму. Спустя несколько лет, в 1537 г., Шер-хан еще раз пошел в Бенгалию и осадил одни из крупных ее городов Гаур. К этому времени он стоял во главе мощного союза эмиров-афганцев.

Хумаюн решил положить предел растущей неуклонно мощи Шер-хана Сура на востоке. В декабре 1537 г. он выступил из Агры и в начале следующего года вновь осадил Чунар, который на сей раз был взят его войсками. Ища встречи с Шер-ханом, Хумаюн вошел в пределы Бенгалии, взял город Гаур (апрель 1538 г.), где оставался девять месяцев. Тем временем Шер-хан укрепился в неприступной твердыне Рохтас; войска его заняли Бенарес (Варанаси), осадили Джаунпур, грабили и опустошали земли вплоть до Канауджа. Хумаюн начал отступление из Гаура. Его воины время от времени вступали в стычки с войсками Шер-хана, который покинул Рохтас и шел навстречу Хумаюну. Брошенный своими братьями, которые не только не помогали ему, но встали на путь интриг и измены,. Хумаюн решил пойти на предложенные Шер-ханом переговоры.

Возможно, он был готов даже принять условие Шер-хана — передать ему крепость Чунар. Однако переговоры были прерваны, так как 27 июня 1539 г. у Чаусы войска афганского хана неожиданно напали на лагерь Хумаюна. Его войско было рассеяно, жена попала в плен к Шер-хану, а самому ему удалось бежать. Шер-хан оказался властителем Бенгалии, Бихара и Джаунпура. В декабре 1539 г. он короновался шахом.

Весной 1540 г. между ними произошла еще одна битва — в Хардои (на берегу Ганга), ставшая известной как битва при Канаудже. У Хумаюна была большая армия — 40 тыс. Но Шер-шаху, атаковавшему ее правый фланг, удалось погнать на центр обоз противника, оказавшийся под огнем собственной артиллерии. Армия Хумаюна была смята и обращена в беспорядочное бегство.

Более двух лет Хумаюн скитался по Пенджабу, Синду, Раджастхану в надежде сколотить новую коалицию против удачливого афганского хана. Влияние Шер-шаха тем временем столь возросло, что ослушаться его приказа не мог влиятельный князь Марвара Малдео, от которого тот потребовал изгнать из своих владений Хумаюна. «Несчастливый счастливец» (Хумаюн значит «счастье»), превратившийся в скитальца, должен был покинуть Индию и искать прибежища в Иране. Скрываясь от преследований, он бросил в Индии своего новорожденного сына Акбара, которого увез и приютил в Кабуле один из братьев Хумаюна.